Die geografische Lage in der Mitte Deutschlands, die direkte Anbindung an das Autobahnnetz und die ICE-Anbindung (Hamburg - Berlin - München) sind für Jena von strategischem Vorteil. Im Stadtgebiet gibt es zwei Anschlussstellen an die A4 (Dresden - Frankfurt a. M.). Die direkte Verbindung zur Autobahn A9 (Berlin - Nürnberg) erfolgt über das nahe gelegene Hermsdorfer Kreuz.
Die nächsten Verkehrsflughäfen befinden sich in Erfurt und Leipzig/Halle. Somit ist Jena durch Autobahnen, Schienennetz und Flughäfen mit allen europäischen Haupt- und Großstädten verbunden.
